E’ compresa nel grande complesso edilizio francescano che domina la piazza omonima e che, probabilmente, qui si insediò nei primi decenni del ‘200.
Sul fianco destro della Basilica – iniziata in forme gotiche nel 1326, compiuta nel 1475 e, dopo un incendio nel 1655, ripristinata tra il 1885 e i primi del Novecento – sorge l’ex convento, eretto nel XV secolo e ingrandito nel 1518, oggi sede universitaria.
Il complesso comprende un vasto chiostro quadrato di forme rinascimentali con portico terreno su esili colonne, alle cui pareti sono infissi numerosi frammenti scultorei di varia epoca e provenienza. All’estremità dell’ala sinistra, una scalinata conduce alla chiesa. Sotto la stessa scalinata sono sepolti, secondo una tradizione, 18 nobili Tolomei, assassinati da altrettanti uomini della famiglia Salimbeni nel corso di una merenda su un colle fuori Siena, detto non a caso di Malamerenda. Nell’ala seguente del chiostro è visibili un portale gotico (avanzo della cappella di Niccolò Pisano, 1336) attribuito a Domenico di Agostino.
Durante la dominazione spagnola (alla metà del Cinquecento), nei locali dell’ex convento si accasermarono anche le truppe di don Diego Hurtado di Mendoza. In epoca moderna fu sede del Seminario Arcivescovile e, in una parte, della Caserma dei Carabinieri.
